Pada tahun 2003 disahkan Undang-undang nomor 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional (SPN), yang mendorong Madrasah ini untuk kembali berbenah diri dalam administrasi pendidikan dan kurikulum. Karena menurut Undang-undang ini pendidikan formal
Pada tahun 2012, Madrasah Tsanawiyah Fattah Hasyim resmi diberi hak untuk menyelenggarakan Pendidikan dan Pengajaran dengan diterbitkannya Piagam Akta Pendirian oleh Kementerian Agama Kabupaten Jombang
SMP Bahrul Ulum Tambakberas Jombang merupakan sekolah menengah pertama berbasis pesantren yang berada dibawah pengelolaan pesantren Bahrul Ulum Jombang.
Madrasah Muallimin Muallimat 6 Tahun Bahrul Ulum didirikan pada tahun 1953 sebagai kelanjutan dari Madrasah Ibtidaiyah Bahrul Ulum (MI-BU) yang sudah terlebih dulu berdiri dan berjalan.
Madrasah Aliyah Al-I’dadiyyah Bahrul ‘Ulum (MAI-BU) Tambakberas Jombang, yang sebelumnya bernama Sekolah Persiapan Perguruan Tinggi Bahrul Ulum (SPPT-BU) berupaya ikut serta memenuhi tanggung jawab tersebut dengan menyelenggarakan pendidikan keIslaman.
Kebijakan pemerintah menyangkut regulasi dunia pendidikan berjalan dinamis. Jika UUSPN tahun 1989 menempatkan MAK sebagai primadona, maka Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional (UU SISDIKNAS) 2003 malah sebaliknya. UU sisdiknas 2003 bahkan tidak memberi ruang bagi keberadaan MAK
MA Bahrul ‘Ulum di dirikan pada tahun 1990 tepatnya pada tanggal 1 juli 1990 dengan keputusan kepala kantor wilayah departemen agama provinsi jawa timur no.wm.06.04/PP/03.2/003091/1991.
SMK IT Rohmatul Ummah Kudus berada di jalan Pandean no 230, Jekulo, Kudus
SMK NU Ma'arif 2 merupakan lembaga pendidikan kejuruan swasta setingkat SMA yang berada di jalan Siliwangi Gang.I No.99 Jekulo Kudus.
SMK Raden Sahid adalah lembaga pendidikan kejuruan swasta yang berada dibawah yayasan pesantren Raden Sahid Mangunan Lor Demak, yang berlokasi di Jalan Sampang Rt 07 RW 03, Mangunan Lor, Kebonagung, Demak.