Pondok pesantren merupakan salah satu pendidikan formal yang sangat menitik beratkan pada pendidikan keagamaan.
Pondok Pesantren Zumrotul Muttaqien didirikan pada sekitar tahun 1990 oleh KH Muhammad Kholil di Kampung Padasuka Desa Situraja Utara, Kecamatan Situraja Kabupaten Sumedang Jawa Barat.
Perguruan Islam Darul Falah(PIDF) berdiri pada tahun 1983. Sejarah mencatat, Darul Falah berdiri atas inisiatif tokoh agama di Desa Sirahan. Dahulu kala Desa Sirahan memiliki seorang ulama yang pandai ilmu agama, namanya K. Abdul Hamid.
Profil Pesantren Nurul Huda Pati Jawa Tengah, memiliki sejarah yang sangat bagus sebagai basis pengembangan santri.
Yayasan Pendidikan Islam Darul Hidayah (YPIDH) Runting adalah salah satu yayasan yang bergerak dalam bidang pendidikan, dakwah, ekonomi dan sosial keagamaan di Pati.
Makam Keramat Pamecutan merupakan makam Islam milik seorang putri kerajaan Badung-Pamecutan yang bernama asli Gustu Ayu Made Rai. Nama lainnya adalah Raden Ayu Anak Agung Rai dan Raden Ayu Siti Khotijah (nama setelah dia masuk Islam).
Madrasah Aliyah Darul ‘Ulum adalah Sekolah Menengah Atas yang bercirikan Islam yang ada di kota Pati. MA Daarul ‘Ulum memiliki SDM pengajar yang profesional, Madrasah Daarul ‘Ulum
Semula bernama “Madrasah Muallimat NU" yang didirikan pada tanggal 02 Dzul Hijjah 1373 H (1 Agustus 1954) bertempat dijalan Kawatan VI/17 Surabaya yang didirikan oleh KH. Abd.Wahab Turcham, KH. Moch. Ridwan Abdullah, KH. Abdul Fatah Yasin, H.Abdul Aziz Diyar.
SMK Cordova yang bernaung di bawah Yayasan Al-Zahra Hajain yang dicetuskan oleh H. Ah. Zakky Fuad Abdillah dan dideklarasikan pada tanggal 06 September 2008 M bertepatan dengan 06 Ramadlan 1429 H ini mempunyai beberapa ciri khas tersendiri yang membuat SMK Cordova tampil beda dengan lembaga pndidikan kejuruan lainnya.