Lahirnya Pondok Pesantren Bina Insan Mulia tak bisa lepas dari keberadaan Pondok Pesantren Al Ikhlas Tegal Koneng yang didirikan oleh almarhum KH. Sirojuddin tahun 1942.
Pondok Pesantren Syaichona Cholil Balikpapan merupakan cabang dari PP. Syaichona Cholil Bangkalan Madura.
Pondok Pesantren Salafiyah Subulus Salam Balikpapan merupakan pondok pesantren salaf yang mulai dirintis sejak tahun 1990.
Pondok Pesantren Al-Payage Papua merupakan salah satu lembaga pendidikan Islam yang ada di Jayapura, Papua.
Bermula dari keinginan beberapa orang / santri untuk menimba ilmu keagamaan, berguru dan mengaji kitab kuning (at-Turaath al-Islamy) kepada KH. Ahmad Maimun Adnan secara sorogan dengan sistem halaqah secara sederhana.
Pesantren Jabal Nur merupakan Lembaga Pendididkan di Kecamatan Kandis yang didirikan untukmembina jiwa ketaqwaan kepada Allah
Pondok Pesantren Modern (PPM) Al-Barokah didirikan oleh Almarhum Al-Magfurllah Buya Abu Bakar Jamal bin Kyai H. Akhi yang merupakan putra asli daerah Bekasi.
Pondok pesantren Al Hadi Min Aswaja didirikan oleh kyai abdul Abdul Hadi.
Pondok Pesantren Al-huda adalah lembaga pendidikan di bawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Pesantren Al-huda
Pondok pesantren Daarul Rahman adalah salah satu lembaga Pendidikan Islam