Berdirinya pondok pesantren unit Lirboyo yang satu ini, tidak bisa dilepaskan dari Madrasah Murottilil Qur’an (MMQ) yang dirintis oleh Al-Ustadz KH. Maftuh Basthul Birri. Madrasah ini berawal sekitar tahun 1397 H./ 1977 M. yang kala itu berupa pengajian dengan sistem sorogan yang diasuh langsung oleh KH. Maftuh Basthul Birri.
Awal berdirinya Pondok Pesantren Nurul Jadid sangat berkaitan erat dengan terjadinya perang gerilya melawan penjajah Belanda.
Pesantren Al-Ghozaliyah Jombang didirikan oleh KH. Sholihin Hamzah, pesantren ini berada di desa yang berada di Kecamatan Jogoroto yaitu di Dusun Sidowaras, Desa Sumbermulyo, Kecamatan Jogoroto, Kabupaten Jombang, Provinsi Jawa Timur.
Pondok Pesantren Hamalatul Qur’an Jogoroto Jombang berdiri untuk memberi solusi bagi generasi yang berpotensi untuk menghafal Al-Qur’an.
Pondok pesantren Al Munawaroh yang berkedudukan di Dusun Ngempak Ds. Ngudirejo Kec. Diwek Kab. Jombang Jawa Timur Adalah Pondok Pesantren yang memadukan antara Ala Salafi dan Modern yang dicirikan dengan wajib berbahasa Arab atau Inggris Plus menghafal AI Qur’an.
Pada 1 Januari 1925, KH. A. Djazuli Usman mendirikan sebuah madrasah dan pondok pesantren. Ia memanfaatkan serambi Masjid untuk kegiatan belajar mengajar para santri. Tanpa terasa santri yang belajar dengan KH. A.Djazuli membengkak menjadi 100 orang.
Pondok Pesantren Sirojurrokhim adalah salah satu pesantren di Kabupaten Temanggung, Jawa Tengah. Pesantren ini didirikan oleh KH. Afif Masykur beserta Ibu Ny Hj Hanik Mafukhah pada tahun 2002 M. Selain materi pelajaran mengenai pengetahuan agama Islam, ilmu syari’at, dan bahasa Arab, pelajaran umum juga dimasukkan ke dalam struktur kurikulum pengajarannya.
Pesantren Manbaul Hikmah beralamat di Ds. Mororejo Kec. Kaliwungu, Kaliwungu, Kabupaten Kendal , Propinsi Jawa Tengah.
Lembaga Pendidikan dan Sosial Al-Aqobah, yang didirikan dan diasuh oleh KH. A. Junaidi Hidayat, SH., S.Ag ini terletak di Desa Kwaron Kec. Diwek Kab. Jombang atau sekitar 300 meter ke arah selatan dari makam Gusdur.
Pondok Pesantren Sunan Plumbon merupakan suatu lembaga pendidikan yang diresmikan pada tahun 2001 yang dipimpin dan diasuh oleh KH. Muhammad Abdul Chakim Cholil S.Ag.