Pondok Pesantren, Madrasah Diniyah (MADIN), Madrasah Tsanawiyah (MTs), dan Madrasah Aliyah (MA). Lembaga-lembaga tersebut telah sah berdiri pada hari Senin tanggal 1 April 1991 dengan ijin operaasional No. 7/Yay/1991/PN/DMK, sesuai dengan Akta Notaris dan P.P.A.T Yayasan Islam (YPI) Nurul Ulum Desa Batursari Kecamatan Mranggen Kabupaten Demak.
Pondok Pesantren Tanjung Rejo Situbondo didirikan oleh KH. HR. Ghufron Ali Imrony bersama dengan Nyai Hj. Siti Robi‟ah pada tanggal 29 Maret 1960 yang bertepatan dengan 12 Syawal 1379 H
Pondok Pesantren Thoriqul Huda Kandangan didirikan oleh Alm. RM. K. Adjma’in Thoyib pada tahun 19
Pondok Pesantren Nurul Huda didirikan oleh Habib Musthafa Al-Jufri pada tahun 1974.
NURUL ISLAM (NURIS) Islamic Boarding School Dusun Guwo Desa Jabontegal Kecamatan Pungging Kabupaten Mojokerto Provinsi Jawa Timur diasuh oleh Dr. KH. Ahmad Siddiq, S.E.,M.M. NURIS didirikan pada tahun 2010 tepatnya pada tanggal 24 Februari
Pondok Pesantren Nurul Amal adalah lembaga pendidikan Islam swasta (non-pemerintah). Dirintis sejak 2005. didirikan Pondok Pesantren pada tanggal 1 Juli 2005 oleh KH. Muwan Adzani, S.Ag dan Nyai Hj. Siti Rokfatun, S.Ag. beserta keluarga dengan sistem kurikulum yang terpadu
Pesantren Fathul ‘Ulum merupakan lembaga yang ber-Aqidahkan Islam menurut Faham Ahlus Sunnah wal Jama’ah dengan menyelenggarakan program-program pendidikan madrasah formal dan non formal, pengajian, kursus-kursus, pelatihan dan kegiatan-kegiatan sosial kemasyarakatan.
Meskipun di Ponorogo telah lama berdiri beberapa lembaga pendidikan Islam yang berpaham Islam Modernis, namun keberadaannya terlanjur dianggap sebagai tempat menuntut ilmu kaum priyayi yang tak terjangkau Wong Cilik, sehingga keterbelakangan dan kenihilan ilmu pengetahuan masih juga memprihatinkan
Pesantren Sabilil Muttaqien (PSM) pada mulanya bernama “Pesantren Takeran“ adalah bentuk pesantren sentris, dengan sistem pengajarannya melalui pendekatan pondok murni.
Pesantren Al-Iman terletak di Desa Bulus, Purworejo. Pesantren ini masyhur di kalangan warga Nahdlatul Ulama sebagai pesantren tertua di Purworejo. Hikayat umum di Purworejo menuturkan Pesantren Al-Iman didirikan oleh Mbah Ahmad Alim