Pondok Pesantren Abu Dzarrin berada di dukuh kendal Sumbertlaseh Dander Bojonegoro mulai dirintis dan didirikan oleh seorang ulama` besar yang bernama K. Abu Dzarrin pada tanggal 25 September 1919.
Pondok Pesantren Miftahul Ulum Al-Islamy atau yang lebih dikenal dengan sebutan pesantren “congaban” didirikan oleh KH. Ahmad Dahlan
Berawal keinginan KH. Fatchur Rohman untuk mendirikan Pondok Pesantren sangat kuat sekali, hal ini dilatar belakangi oleh pesan K. Idris Jamsaren Solo agar sepulang dari Pondok Pesantren beliau mendirikan Pondok Pesantren. Pesan tersebut disampaikan kepada KH. Fatchur Rohman berkali-kali, sehingga tertanam pada jiwa beliau untuk benar-benar mewujudkan apa yang telah diamanatkan oleh sang Kyai.
Pondok Pesantren Ash-Shomadiyah ini berada di Kelurahan Kingking Kecamatan Tuban. Awal mula berdirinya Pondok Pesantren Ash- Shomadiyah Makam Agung ini sekitar tahun 1700-an Masehi oleh SyekhShomadiyah, seorang waliyullah yang berasal dari Morosemo dan makbarohnya ada di belakang masjid Makam Agung Tuban.
Pondok Pesantren Darussalam yang saat ini di bawah naungan Yayasan Darussalam
Pondok Pesantren Attanwir Talun Sumberrejo Bojonegoro berdiri tahun 1933 KH. M Sholeh
Sejarah Pondok Pesantren Adnan Al Charish yang berkedudukan di Desa Ngumpakdalem Kecamatan Dander Kabupaten Bojonegoro
Pondok Pesantren Tarbiyatut Tholabah (Tabah) didirikan oleh KH. Musthofa Abdul Karim pada tahun 1898.
Pondok pesantren Al Hidayah merupakan salah satu pondok pesantren yang didirikanoleh KH. Khoirul Anam Mu’min SH, MHI yang berasal dari Bojonegoro, JawaTimur. Pada tahun 1997 Pondok pesantren ini didirikan di Desa Sondriyan Desa Majasem Kecamatan Kendal kabupaten Ngawi
Pondok Pesantren Putri Tahfizhil Qur’an Lirboyo didirikan oleh KH. Ahmad Idris Marzuqi dan Nyai Hj. Khodijah Idris pada tahun 1986 M.