Karomah Abah Guru Sekumpul yang paling besar dan mulia adalah ketika beliau sedang sakit parah yang mengakibatkan beliau tidak bisa apa-apa dan saat hari itu pengajian beliau yang setelah asar.
Suatu hari, Habib Maksum dari Pasuruan bertamu ke rumah Abah Guru Sekumpul. Di perjalanan ia berkata, "Jika guru Zaini itu betul-betul wali Allah, maka hutangku 21 juta rupiah lunas."
Di antara karomah Abah Guru Sekumpul adalah ketika suara beliau terdengar hingga ke atas langit. Begini kisahnya.
Suatu kali, ada orang yang tertelan gigi palsu, kemudian datang ke rumah Abah Guru Sekumpul meminta air.
Abah Guru KH Muhammad Zaini Abdul Ghani (Abah Guru Sekumpul), memiliki banyak sekali karomah. Di antaranya adalah terdapat suatu peristiwa karomah dari Abah Guru Sekumpul ketika menurunkan hujan.
Yacouba Sawadogo hidup di tengah sabuk gurun pasir Sahel, Sahara, Burkina Fasso, Afrika. Tahun 1970-an, daerah ini adalah neraka dunia. Suhu panas menjerang tulang, badai pasir menggulung desa-desa menjemput maut.
Dahulu di zaman Nabi shalallahu alaihi wasallam pernah ada penularan dari onta yang sakit dan berpindah ke onta lainnya.
Ketika beliau Abah Guru Sekumpul masih tinggal di Kampung Keraton, biasanya setelah selesai pembacaan maulid, beliau duduk-duduk dengan beberapa orang yang masih belum pulang.
Pada suatu hari, datang rombongan para Habaib dari berbagai daerah ke Kalimantan Selatan, tepatnya ke kediaman KH. Muhammad Zaini bin Abdul Ghani Al-Banjari (Abah Guru Sekumpul).
Habib Sholeh BSA yang berasal dari Jawa, baru tinggal di Kalimantan Selatan, kemudian beliau mengajar di Al Falah. Beliau mengajak istri yang baru dinikahinya, seorang syarifah dari kalangan kaya.