Pondok Pesantren Modern An-Nuqthah mempunyai arti “Titik” yang memiliki filosofi kecil wujudnya namun besar manfaatnya, inilah yang telah menjadi harapan bagi Pondok Pesantren Modern An-Nuqthah. Pesantren ini didirikan pada tanggal 08 Agustus 2009 oleh KH. Zuhri Fauzi, S. Ag.
Sejak dulu KH. M. Ulin Nuha Arwani dan KH. M. Ulil Albab Arwani, selaku pengasuh PTYQ Menawan Kudus bercita-cita memiliki pondok modern yang berbasis sekolah dengan mensinergikan antara Al-Qur’an, ilmu pengetahuan, serta bahasa asing.
Pondok pesantren Darul Amanah, terletak di Sukorejo Kab.Kendal, Jawa Tengah. lokasi di pinggir jalan raya yang menghubungkan Kab Batang dan Kendal. Areanya sangat luas. Pondok salaf yang menitikberatkan pada bahasa Arab dan Inggris. Terdapat pendidikan formalnya juga anatara lain: MTs, MA dan SMK.
Berdirinya Pondok Pesantren Darussalam sesungguhnya merupakan sebuah wujud kepedulian dan tanggungjawab moral dari para alumni Pondok Modern Gontor terhadap masalah pendidikan bagi para generasi umat, sekaligus sebagai bentuk jawaban atas amanah, niat suci dan cita-cita dari pewakaf, serta animo, minat, dan kepercayaan masyarakat terhadap keberadaan lembaga pendidikan model pesantren.
Dari sebuah pengajian biasa pada tahun 1996 di Sekolah Menengah Pertanian yang kini menjadi SMK Negeri 3 Kuala Kapuas, beberapa pengajar dari Pulau Jawa dan pemuda-pemuda Kapuas memprakarsai berdirinya Yayasan Islam Al-Amin Kapuas pada tanggal 8 Februari 1996, yang diprakarsai oleh dr. Ceva Wicaksono Pitoyo.
Pesantren Terpadu Bismillah berlokasi di Jl. Palka Km. 22 Barugbug Padarincang, Serang, Banten. Pesantren Terpadu Bismillah saat ini diasuh oleh KH. Alvi Ruzabady dan KH. Rifqi Sujahilman.
Pondok Pesantren Al-Istiqomah Maruyung didirikan oleh almaghfurlah KH. Ali Imron pada 1 Muharram 1419 bertepatan dengan 28 April 1998. Tanggal tersebut dipilih di antaranya merupakan hasil istikharahnya.
Pondok Pesantren Idris Bintan merupakan pondok pesantren yang didirikan para Da'i di Kepulauan Riau dalam naungan Yayasan Al Idris Kepri yang terletak di Jl. Wisata Bahari, Kp. Jeropet Kawal, Bintan, Kepulauan Riau.
Yayasan daruth thalibin berdiri tahun 1979 ,bertempat di Ds. Sidodadi Kecamatan Bangilan kabupaten Tuban provinsi Jawa Timur
Pondok Pesantren Hajar Aswad merupakan pondok cabang dari Ponpes Sunan Pandanaran. Terletak di daerah Batursari, Kampung, Ngawen, Gunungkidul, Yogyakarta.