Pondok pesantren ini diresmikan pada tanggal 4 Sya’ban 1414 H/ 16 Januari 1944 M, oleh para Alim Ulama, diantaranya adalah mantan presiden RI ke 4 Bapak KH. Abdurrahman Wahid, KH. Syamsuri Badawi dan KH. Zayadi Muhajir serta beberapa tokoh masyarakat disekitar Kecamatan Pulo Gadung Jakarta Timur.
Baiat secara harfiah berarti kesepakatan atau transaksi dan perjajian. Kata ini memiliki akar yang sama dengan baya’a yang berarti menjual. Orang arab biasa mengakatan jarat al-ba’iatu fi as-suqi, yang artinya kesepakatan telah dilakukan di pasar. Pastiya baiat mengandaikan keterlibatan dua belah pihak. Tidak ada baiat yang dilakukan hanya oleh seseorang atau sepihak saja.
Kiai Ali tiba-tiba diserang oleh seorang jomblo. Tak tanggung-tanggung, sebatang linggis besi, ia pukulkan sebanyak tiga kali ke kepala Kiai Ali.
Para mufassir berbeda pendapat mengenai maksud kata ‹libasut taqwa’. Perbedaan itu dapat dibagi menjadi dua. Pertama kelompok yang menafsirkan kata baju takwa sebagai makna hakiki, makna sebenarnya. Yaitu makna baju sebagai busana takwa yang menutupi aurat sebagaimana dikemukakan oleh Abd al-Rahman bin Zaid(w.182 H).