Pada tahun 1951 KH. Yasin bin Abdul Ghoni wafat sehingga kepemimpinan pesantren dikendalikan oleh Ibu Nyai Chusna. Dengan penuh keteladanan dan kesabaran yang tinggi, pesantren terus menunjukkan eksistensinya sehingga para santri dengan istiqomah dapat belajar dan mengembangkan diri melalui pemahaman agama dan kecakapan serta keterampilan hidup.

Berita wafatnya Mbah Yasin memaksa KH. Imron Fatchullah untuk pulang nyantri dari Pondok Pesantren Sidogiri dan segera membantu Nyai Chusna mengurus Pesantren  Al-Yasini dan mengajar kitab kepada santri dengan dibantu kakaknya yaitu Kiai Aji Nuryasin.