Paradigma keilmuan ISIF diorientasikan pada kekuatan kajian teks-teks klaisk keislaman yang terus didialogkan dengan dinamika sosial yang terus berubah untuk perwujudan transformasi sosial. ISIF menganut paradigma pendidikan kritis yang membebaskan, melalui metode dialogis, partisipatif, belajar dari pengalaman (realitas), dan senantiasa mengaitkan teori dengan praktik dan transformasi sosial.

ISIF memiliki 3 fakultas dan 6 program studi, yakni Fakultas Syari’ah [Program Studi Akhwal Syakhshiyyah dan Program Studi Ekonomi Syari’ah], Fakultas Tarbiyah [Program Studi Pendidikan Agama Islam], dan Fakultas Ushuluddin [Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, Program Studi Akhlaq Tasawuf, dan Program Studi Filsafat Agama].