LADUNI.ID, Abuya As-Sayyid Muhammad wafat pada tanggal 15 Ramadhan 2004. Jenazah beliau dimakamkan di pemakaman umum, Ma’la, Makkah. Sebagaimana biasanya sesuai peraturan pemerintah Arab Saudi, jenazah yang telah berusia 1 tahun akan dipindahkan dari Ma’la ke tempat lain karena akan ditempati oleh jenazah yang lain.