Habib Hasan bin Thoha bin Yahya lahir di kota Inat (Hadramaut), dari pasangan Habib Thoha bin Yahya dengan Syarifah Aisyah binti Abdullah Al-Idrus. Beliau mendapat pendidikan langsung dari kedua orangtuanya sampai hafal Alquran sebelum usia tujuh tahun. Sebelum menginjak dewasa, dia telah banyak hafal kitab-kitab.
Habib Hasan bin Thoha bin Yahya adalah salah satu Ulama yang melakukan perjuangan menentang penjajahan Bumi Nusantara ini di mulai dari Banten, Cirebon kemudian dilanjutkan di Pekalongan sampai ke Yogyakarta, bahkan diangkat menjadi menantu dan Panglima Perang oleh Hamengku Buwono II.