Kata "Annuqayah", secara etimologi, bermakna "bersih" atau "murni". Akan tetapi, ketika nama ini diacukan kepada nama Pondok Pesantren Annuqayah yang beralamat di Guluk-Guluk, Sumenep, maka yang dimaksud dari nama tersebut adalah nama kitab karya As-Suyuthi.