Ki Ageng Henis merupakan putra Ki Ageng Sela. Keluarga besarnya berasal dari Sela, yang terletak di arah utara gunung Merapi dan Merbabu. Kini wilayah Sela berada di administratif Kabupaten Grobogan.Ki Ageng Henis adalah putra bungsu Ki Ageng Sela dengan Nyai Bicak (Nyai Ageng Sela) putri Sunan Ngerang.