Habib Hasan bin Thoha bin Yahya lahir di kota Inat (Hadramaut), dari pasangan Habib Thoha bin Yahya dengan Syarifah Aisyah binti Abdullah Al-Idrus. Beliau mendapat pendidikan langsung dari kedua orangtuanya sampai hafal Alquran sebelum usia tujuh tahun. Sebelum menginjak dewasa, dia telah banyak hafal kitab-kitab.