NU juga mempunyai kedekatan hubungan dengan Presiden RI yang pertama, Soekarno. Pada Muktamar Alim Ulama se-Indonesia tahun 1953 di Cipanas, diputuskan untuk memberi gelar kepada Soekarno sebagai Waliyul Amri Dharuriy bis-Syawkah (Pemimpin Pemerintahan yang berkuasa dan wajib ditaati).