Kehadiran STIK Annuqayah pada awalnya didorong oleh keinginan luhur pengurus Yayasan Annuqayah di mana dengan melihat perkembangan santri Annuqayah
Adalah KH. Thoifur Ali Wafa, kiai dari Sumenep, kota paling ujung di Pulau Madura, seorang alim produktif yang sampai sekarang berhasil menulis lebih dari 40 karya kitab berbahasa Arab.