Gus Mus mengisahkan sesuatu yang menarik mengenai dua kiai: Mbah Bisri Mustofa (ayahanda beliau) dan adiknya, Mbah Misbah Zainul Mustofa. Keduanya adalah kiai "dug-deng", ampuh, baik secara keilmuan lahir maupun "suwuk" (keilmuan batin).