Pada awal berdiri tahun 1998, SMK Ma’arif 2 Temon hanya mempunyai satu jurusan yaitu jurusan Otomotif dengan 2 kelas sebanyak 80 siswa, serta beroperasi dengan 15 orang tenaga pengajar dan 4 Tenaga Pendidikan.
Pada tahun 1997 pendirian SMK Ma’arif 2 Temon tidak dikabulkan oleh Dinas Pendidikan Kulon Progo, tetapi dengan kegigihan para pengurus Nadliyin, akhirnya pada tahun 1998 mendapatkan izin untuk mendirikan dua sekolah SMK Ma’arif yaitu SMK Ma’arif 1 Nanggulan dan SMK Ma’arif 2 Temon.