Walaupun NU selalu bergandengan tangan dengan Masyumi, tetapi soal pemberontakannya tetap tidak setuju. Bagi NU, Masyumi merupakan mitra penting dalam menghadapi PKI.
Pengakuan ulama kepada Ir. Soekarno sebagai seorang pemimpin yang sah suatu negara dengan gelar Waliyyul Amri Ad-Dharuri bis Syaukah, telah memberikan dampak yang sangat signifikan.