Kekhawatiran lain terhadap bangkitnya konservatisme Islam dikemukakan oleh peneliti Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Amin Mudzakkir yang mengatakan, konservatisme Islam dalam jangka panjang mengancam keberagaman (multikulturalisme dan pluralisme) di Indonesia.
KH Abdurrahman Wahid atau Gus Dur pernah berkata kepada Nur Misuari yang saat itu menjadi pemimpin muslim Mindanao Filipina: "Menjadi muslim yang baik tidak harus mendirikan Negara”.