Sebelum ke Parung, Habib Saggaf pernah mendirikan Ponpes Nurul Ulum di Kali Mas Madya, Surabaya, yang banyak menerima murid dari Singapura, Malaysia, Brunei Darussalam dan Afrika.
Itulah yang membuat Nabi Isa a.s marah dan kecewa dengan Abah Habib Saggaf. Karena Abah Habib Saggaf adalah seorang yang ahli tafsir dan tentunya paham dengan maksud dari ayat tersebut, makanya abah tidak mau mengalah.
Terdapat satu kisah menarik yang ceritakan dalam sebuah majelis ta’lim di Masjid Thoha. Dikisahkan bahwa Syaikhona Syekh Habib Saggaf bin Mahdi bin Syaikh Abi Bakar bin Salim pernah suatu ketika disidang oleh para nabi karena membuat Nabi Isa marah