Berdasarkan penyelenggaraanya, SMK Walisongo merupakan lembaga pendidikan termuda di bawah naungan Yayasan Walisongo Pecangaan Jepara.
Sejarah dan perkembangan MA “Walisongo” Pecangaan, tidak bisa lepas dari berdirinya sebuah lembaga pendidikan Nahdlatul Ulama yang berdiri pada tanggal 5 Agustus 1965